| Suisse, Tribunal fédéral suisse, 10 août 2005, 2A.63/2005

{T 0/2}
2A.63/2005 /fzc

Arrêt du 10 août 2005
IIe Cour de droit public

M. et Mme les Juges Merkli, Président,
Hungerbühler, Wurzburger, Müller et Yersin.
Greffier: M. Dubey.

Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt
direct, l'impôt anticipé, des droits de timbre, 3003 Berne,
recourante,

contre

X.________ SA,
intimée, représentée par Me Yves Noël, avocat,
Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, route de Berne 46,
1014 Lausanne,
Tribunal administratif du canton de Vaud, avenue Eugène-Rambert 15, 1014
Lausanne.

impôt fédéral direct - périodes fiscales 1991-1992 et 1993-1994,

recours de droit administratif contre l'arrêt du Tribunal administratif du
canton de Vaud du 16 décembre 2004.

Faits:

A.
La société X.________ SA (ci-après: la Société), dont le but est l'exécution
de tous mandats dans les limites de l'activité fiduciaire, est issue de la
reprise des actifs et passifs le 23 décembre 1986 par la Société Fiduciaire
Y.________ SA (ci-après: Y.________ SA), créée en 1962 à Lausanne, de la
société Z.________ SA (ci-après: Z.________ SA), à Genève. Elle est dotée
d'un capital-actions de 400'000 fr. réparti en 1600 actions d'une valeur de
250 fr. chacune. Lors de la fusion, A.________ en détenait dix; sa
participation s'est ensuite réduite à deux actions. B.________, directeur de
la Société, en détenait alors 364, représentant 13,38% du capital, puis 214
dès 1990.

En 1976, Y.________ SA avait créé le Fonds de prévoyance en faveur des
collaborateurs de la Fiduciaire Y.________ SA (ci-après: la Fondation
Y.________) et Z.________ SA la Fondation de prévoyance en faveur des
collaborateurs de la société Z.________ SA Genève (ci-après: la Fondation
Z.________). Conformément à leurs statuts, le but de ces fondations était de
venir en aide au personnel de la fondatrice notamment en cas de vieillesse,
maladie, invalidité et accident par la conclusion d'assurances appropriées et
l'attribution de prestations décidées librement et exclusivement par le
conseil de fondation.

B.
Dès la fondation de Y.________ SA en novembre 1962, A.________, né le 1er
janvier 1917, a occupé successivement la fonction de directeur adjoint puis
de directeur et de "secrétaire hors conseil". Il a également occupé le poste
de membre du conseil d'administration dès la création de Z.________ SA et en
plus, depuis 1975, celui de directeur général de celle-ci.

Par avenants des 2 et 7 février 1977, le contrat de travail entre Y.________
SA et A.________ a été modifié, son taux d'activité a été réduit de moitié et
sa rémunération mensuelle nouvellement fixée à 3'500 fr. Aux termes du
nouveau contrat, A.________ était autorisé à faire valoir son droit à la
retraite dès le 1er janvier 1982, une rente mensuelle de 900 fr. indexée à
l'indice des prix à la consommation lui étant versée dès sa retraite par la
Fondation Y.________. Y.________ SA s'engageait à fournir mensuellement les
fonds exigés par cette rente. Le contrat précisait que cette condition tenait
compte du fait qu'A.________ ne bénéficierait guère ou pas du second pilier.
Parallèlement, aux mêmes dates, Z.________ SA et A.________ ont signé un
contrat rappelant que ce dernier avait été à l'origine de la création de
Z.________ SA, dont il avait été membre du conseil d'administration depuis sa
fondation et qu'il avait occupé le poste de directeur général depuis 1975
sans recevoir de rémunération autre que celle allouée par Y.________ SA. Les
termes du contrat précisaient que A.________ réduisait son activité auprès de
Y.________ SA pour se consacrer à Z.________ SA et fixaient son salaire
mensuel à 1'000 fr. auquel s'ajoutaient annuellement 4'000 fr. de frais de
représentation et de transport ainsi que 4'000 fr. d'honoraires
d'administrateur. A.________ était en outre autorisé à faire valoir son droit
à la retraite dès le 1er janvier 1982, une rente mensuelle de 650 fr. indexée
à l'indice des prix à la consommation lui étant versée dès sa retraite par la
Fondation Z.________ ou par une assurance. A.________ a pris sa retraite en
mai 1982. De 1989 à 1992, il a reçu à ce titre deux rentes versées par le
Fonds Z.________ et par X.________ SA par l'intermédiaire de la Fondation
Y.________ qui représentaient au total 25'098 fr. (recte: 25'818 fr.), 27'118
fr., 28'574 fr. et 30'095 fr.

C.
Au moment de la fusion en 1986, X.________ SA a conservé la structure du plan
de prévoyance mise en place par les sociétés Y.________ SA et Z.________ SA.
Les Fondations Y.________ et Z.________ ainsi que leurs buts et leurs modes
de financement ont été maintenus. Leurs noms ont été modifiés en "Fondation
de prévoyance en faveur des collaborateurs de X.________ SA" respectivement,
"siège Lausanne" et "siège Genève" (ci-après encore citées: la Fondation
Y.________ et la Fondation Z.________). Modifiés le 30 janvier 1987, les
statuts de la Fondation Y.________ précisaient en outre que la fondation
remplit son but de prévoyance notamment par la conclusion d'assurances
soumises à un règlement de fondation et par l'ouverture au nom de la
fondation de "livrets d'épargne prévoyance" auprès d'un établissement
bancaire au bénéfice de collaborateurs désignés par le conseil de fondation.

La même année, un fonds de réserve pour contributions futures a été créé au
sein de la Fondation Y.________. Il était alimenté par les attributions
bénévoles de l'entreprise à la fondation (art. 5 des statuts). En sus des
contributions réglementaires, X.________ SA a alimenté le fonds de réserve de
la Fondation Y.________ par des versements bénévoles notamment pour les
années 1989 à 1992 de 73'860 fr., de 74'556 fr., de 90'336 fr. et de 91'140
fr.
Les mesures de prévoyance appliquées dans la société X.________ SA étaient
les suivantes:

a) En 1985, avant leur fusion, Y.________ SA et Z.________ SA avaient chacune
signé un contrat d'affiliation valable dès le 1er janvier 1985 auprès de la
Fondation collective LPP de l'Assurance G.________ dont les règlements
prévoyaient pour l'ensemble de leur personnel des prestations ainsi qu'un
financement conformes au minimum légal de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur
la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS
831.40). Ces contrats ont été repris par la Société dont tous les employés
sont assurés auprès de la Fondation collective.

b) En septembre 1986, la Fondation Y.________ a conclu un contrat d'assurance
surobligatoire (n° xxx) auprès de l'Assurance G._______. A la même date, le
règlement de l'assurance surobligatoire de la Fondation Y.________ a été
modifié avec effet au 1er janvier 1985. Aux termes de son art. 6 al. 1, tous
les travailleurs faisant partie du personnel cadre, dont l'engagement est
définitif et n'est pas résilié, s'ils ont accompli trois ans de service et
atteint l'âge de 30 ans sans avoir dépassé l'âge de 60 ans pour les hommes
respectivement 57 ans pour les femmes, sont admis dans l'assurance, un
travailleur pouvant être admis dès son engagement dans des cas particuliers
(charges de familles ou libre passage). Le montant du capital mixte est
fonction de l'âge de l'assuré et de son salaire. Il est versé à l'âge de la
retraite ou en cas de décès prématuré intégralement au conjoint, aux enfants
ou aux personnes à charge. En cas d'invalidité, une rente de 25% du
traitement de base est versée. Le financement est assuré par des cotisations
de 3% du traitement de base, qui correspond au "salaire annuel communiqué à
l'Assurance G.________", payées par moitié par l'assuré et la Fondation
Y.________ jusqu'à 44 ans pour les hommes et jusqu'à 41 ans pour les femmes,
puis à raison de 0,75% par l'assuré et 2,25% par la Fondation et enfin
uniquement par la Fondation dès l'âge de 55 ans pour les hommes et de 52 ans
pour les femmes.

La Fondation Z.________ a procédé de la même manière.

c) Durant la même année, la Fondation Y.________ a également ouvert des
"livrets d'épargne prévoyance" auprès de la Banque F.________ au bénéfice des
personnes nommément désignées par son conseil.

D.
Au cours de sa séance du 11 décembre 1986, puis chaque année jusqu'en 1993,
le conseil de la Fondation Y.________ a décidé le versement d'attributions
bénévoles sur les "livrets d'épargne prévoyance" à son nom auprès de la
Banque F.________. Elle a notamment versé les sommes de 100'000 fr. en 1986,
de 125'000 fr. prélevés sur l'exercice 1988, de 60'000 fr. prélevés sur
l'exercice 1989, de 58'000 fr. sur l'exercice 1990, de 75'000 fr. sur
l'exercice 1991 et de 80'000 fr. sur l'exercice 1992. Les montants des années
1989 à 1992 ont été répartis entre les assurés de la fondation, au nombre de
cinq la première année, puis de sept les années suivantes, selon une clé de
répartition tenant compte "de l'importance des valeurs mathématiques des
polices conclues par la fondation et des années de services".

Le livret d'épargne prévoyance de B.________, né en 1928, a ainsi été crédité
de 37'500 fr. en 1989, de 35'700 fr. en 1990, de 46'000 fr. en 1991 et de
48'500 fr. en 1992.

Au cours de la séance du 11 décembre 1986, le conseil de la Fondation
X.________ siège Lausanne a constaté que, si les attributions bénévoles à
l'ancien directeur A.________ avaient été effectuées selon le même critère de
répartition, un montant complémentaire de 11'425 fr. correspondant à une
rente mensuelle de 948 fr. devrait lui être versé. Il a alors été décidé que
la rente payée par Y.________ serait augmentée de ce montant dès le 1er
janvier 1987.

E.
A l'occasion d'un contrôle fiscal de la Société en octobre 1995 portant sur
les périodes fiscales 1987/1988 à 1993/1994, l'Administration cantonale des
impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a
procédé à des reprises sur des frais forfaitaires non admis et des primes
d'assurances-maladie versées en faveur de l'administrateur et actionnaire
B.________, sur les rentes versées à A.________ par le siège de Lausanne et
la succursale de Genève pour les exercices comptables 1989 à 1992 ainsi que
sur la moitié des attributions au fonds de prévoyance en faveur de B.________
pendant la même période. Elle a estimé que l'ancien directeur A.________
était avantagé par rapport aux autres employés qui n'ont pas bénéficié de la
même prestation et que le critère de répartition des attributions aux livrets
d'épargne prévoyance arrêté par la Fondation X.________ siège Lausanne
avantageait B.________.
Par décisions notifiées à X.________ SA les 20 décembre 1996 et 23 janvier
1997, l'Administration cantonale des impôts a arrêté les rappels d'impôts et
les amendes pour les périodes fiscales 1987/1988 et 1989/1990 et procédé aux
taxations définitives des périodes fiscales 1991/1992 et 1993/1994. En
matière d'impôts cantonal et communal, elle a réclamé un montant total de
104'892 fr. 15. En matière d'impôt fédéral direct, elle a réclamé un montant
de fr. 43'033 fr. 60 pour les périodes fiscales 1991/1992 et 1993/1994.

Par décision du 31 juillet 1997, l'Administration cantonale a rejeté les
réclamations de la Société contre les décisions de taxation pour l'impôt
fédéral direct et les impôts cantonal et communal, dont les conclusions
étaient limitées à l'annulation des reprises concernant les montants versés à
A.________ et B.________.

F.
Le 16 décembre 2004, le Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après:
le Tribunal administratif) a admis le recours déposé par X.________ SA contre
la décision sur réclamation du 31 juillet 1997 de l'Administration cantonale
des impôts. Il a considéré en substance qu'A.________ avait été à l'origine
de la création des sociétés Y.________ SA et Z.________ SA et de l'important
développement dont elles avaient bénéficié. Il avait également exercé la
fonction de directeur général de Z.________ SA de 1975 à 1977 sans
rémunération. Enfin, il était le seul collaborateur qui avait travaillé à
plein temps aussi longtemps dans l'entreprise et qui avait atteint l'âge de
60 ans au moment de la constitution du premier fonds de prévoyance en faveur
des employés de Y.________ SA. Faisant enfin référence à l'art. 339d al. 2
CO, il a jugé que ces circonstances particulières justifiaient la déduction
de la rente litigieuse comme frais autorisés par l'usage commercial.
S'agissant des attributions sur le compte de prévoyance de B.________, il a
ordonné une expertise qui a été confiée à C.________ de la société D.________
SA. Se fondant sur les deux rapports d'expertise dûment soumis aux parties
pour observations, le Tribunal administratif a jugé qu'aucune des mesures de
prévoyance de la Fondation Y.________ depuis la modification de ses statuts
et de son règlement en 1985 et 1987 ne respectait le principe de
collectivité. La répartition des attributions bénévoles, notamment celles
faites sur les livrets d'épargne prévoyance, ne respectait pas le principe de
planification. Toutefois, B.________ appartenait à la génération d'entrée
pour laquelle des mesures spéciales de prévoyance pouvaient être prises au
sens des art. 31 et 32 LPP. Les mesures prises par la société et la Fondation
Y.________, en particulier la clé de répartition des attributions bénévoles,
étaient, à dires d'experts, souvent utilisées dans la pratique. Elles ne
provoquaient en l'espèce pas d'inégalité entre les employés de la générations
d'entrée, en particulier par rapport à la situation de E.________, né en
1936, le plus ancien employé au service de l'entreprise après B.________,
dont le compte avait été crédité de 15'300 fr. en 1989, de 15'000 fr. en
1990, de 19'000 fr. en 1991 et de 20'500 fr. en 1992. Les reprises devaient
par conséquent être annulées.

G.
Agissant le 28 janvier 2005 par la voie du recours de droit administratif,
l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral, sous
suite de frais et dépens, principalement, l'annulation de l'arrêt du Tribunal
administratif du canton de Vaud du 16 décembre 2004 et l'aggravation de la
décision sur réclamation du 31 juillet 1997 de l'Administration cantonale des
impôts en matière d'impôt fédéral direct en ordonnant en sus la reprise de
l'entier et non pas seulement de la moitié des attributions bénévoles versées
par X.________ SA de 1989 à 1992 au fonds de prévoyance en faveur de
B.________. Selon elle, le bénéfice
imposable pour 1991 et 1992 devait être
porté respectivement à 209'500 au lieu de 108'600 fr. et pour 1993 et 1994
respectivement à 243'500 au lieu de 123'200 fr. Elle demande subsidiairement
l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Vaud du 16
décembre 2004 et la confirmation de la décision sur réclamation du 31 juillet
1997 de l'Administration cantonale des impôts. Elle dénonce une violation des
art. 34quater aCst., 81 al. 1 de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la
prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS
831.40) ainsi que 49 al. 1 lettre b et al. 2 de l'arrêté du 9 décembre 1940
concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD, RO 1940 II 2021).

Le Tribunal administratif du canton de Vaud et la société X.________ SA, qui
produit une copie de la liste de ses actionnaires au 1er novembre 1991,
concluent au rejet du recours. L'Administration cantonale des impôts du
canton de Vaud fait siennes les conclusions du recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:

1.
1.1 Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi contre un
arrêt rendu par une autorité judiciaire statuant en dernière instance
cantonale et fondé sur le droit public fédéral, le présent recours est
recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière des
art. 112 AIFD et 146 LIFD.

1.2 L'Administration fédérale des contributions, qui a un intérêt à une
application correcte et uniforme de la loi (art. 102 LIFD), a qualité pour
recourir (art. 103 lettre b OJ) et peut demander la correction de l'arrêt
attaqué en défaveur du contribuable (RF 55 2000 122 consid. 2b ; cf.
Jean-Marc Rivier, Les attributions de l'Administration fédérale des
contributions dans le cadre du recours de droit administratif au Tribunal
fédéral, in Archives 59 p. 81 ss, p. 87; Attilio R. Gadola, Die reformatio in
pejus vel melius in der Bundesverwaltungsrechtspflege - eine Übersicht der
neuesten Rechtsprechung, AJP 1998 p. 59 ss, p. 63).

1.3 Conformément à l'art. 104 lettre a OJ, le recours de droit administratif
peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus
du pouvoir d'appréciation (ATF 128 II 145 consid. 1.2.1). Le Tribunal fédéral
revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les
droits constitutionnels du citoyen (ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709; 130 I
312 consid. 1.2 p. 318; 129 II 183 consid. 3.4 p. 188; 128 II 56 consid. 2b
p. 60; 126 V 252 consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas lié par les motifs
que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons
que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision
attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art.
114 al. 1 in fine OJ; ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709; 130 I 312 consid.
1.2 p. 318; 129 II 183 consid. 3.4 p. 188; 127 II 8 consid. 1b p. 12 , 264
consid. 1b p. 268; 125 II 497 consid. 1b/aa p. 500 et les arrêts cités). De
surcroît, en matière de contributions publiques, le Tribunal fédéral peut
aller au-delà des conclusions des parties, à l'avantage ou au détriment de
celles-ci, lorsque le droit fédéral est violé ou lorsque des faits ont été
constatés de manière inexacte ou incomplète (art. 114 al. 1 OJ). Une
correction en défaveur du contribuable (reformatio in peius) n'est cependant
entreprise que si celui-ci a été préalablement averti, si la décision
concernée est manifestement erronée et si sa rectification revêt une
importance notable (ATF 110 Ib 319 consid. 8b; 108 Ib 227 consid. 1b;
Archives 69 811 consid. 4b/bb; RF 55 2000 122 consid. 3a; RDAT 1998 II 22t
353 consid. 3c/bb et les références citées).

2.
Avec l'entrée en vigueur le 1er janvier 1995 de la loi fédérale du 14
décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'arrêté du 9
décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct (AIFD) a été
abrogé (art. 201 LIFD). Les dispositions de droit matériel de l'ancien arrêté
du Conseil fédéral restent toutefois applicables aux impôts des années
antérieures qui n'ont pas encore été taxés ou dont la taxation n'est pas
encore entrée en force. Les dispositions de droit matériel de l'arrêté du
Conseil fédéral sont par conséquent applicables aux périodes fiscales
1991/1992 et 1993/1994.

3.
Après l'entrée en vigueur le 1er janvier 1972 de la loi fédérale révisant les
titres dixième et dixièmebis du code des obligations (RO 1971, 1461), la
prévoyance professionnelle faisait l'objet d'un sous-chapitre des
dispositions sur le contrat de travail (art. 331 ss CO) et de l'art. 89bis CC
relatif aux institutions de prévoyance en faveur du personnel, constituées
sous forme de fondation.

3.1 A cette époque, la prévoyance réglée par les dispositions du Code des
obligations revêtait un caractère facultatif (cf. Message du Conseil fédéral
du 19 décembre 1975 à l'appui d'un projet de loi sur la prévoyance
professionnelle vieillesse, survivants et invalidité [ci-après: Message à
l'appui de la LPP]; FF 1976 I 117 ss, p. 118). Classiquement, la doctrine
distinguait parmi les formes usuelles de prévoyance, selon qu'elle était
garantie directement par l'employeur lui-même ou par la conclusion
d'assurances directes ou encore par la mise sur pied d'une institution de
prévoyance (Jürg Brühwiler, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz,
Berne 1989, p. 94 ss, n° 1 ss). Tout reposait sur le contrat de travail et
sur le principe de la liberté contractuelle, en particulier, l'existence même
de la prévoyance, sa forme (promesse de prévoyance, contrat d'assurance ou
institution de prévoyance), la détermination du cercle des bénéficiaires, de
son financement (par l'employeur seul ou avec la participation de l'employé
et le cas échéant son montant) et la désignation des prestations (Jürg
Brühwiler, op.cit., p. 132 ss, n° 41 ss). Il n'y avait aucune obligation
légale immédiate pour l'employeur de verser des contributions à une
institution de prévoyance (Jürg Brühwiler, op. cit., p. 112, n° 7).
Toutefois, si un employeur effectuait des prestations dans un but de
prévoyance de son personnel ou si les travailleurs versaient des
contributions à cette fin, l'employeur était soumis aux dispositions
impératives de l'art. 331 CO dans sa teneur du 1er janvier 1972 (art. 361 CO;
cf. ATF 107 II 435). Il était tenu de verser parallèlement une contribution
au moins égale à la somme des cotisations (art. 331 al. 3 CO dans sa teneur
au 1er janvier 1972) et également de transférer ces prestations et
contributions à une fondation, à une société coopérative ou à une institution
de droit public (art. 331 al. 1 CO dans sa teneur au 1er janvier 1972; cf.
Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zurich, Bâle, Genève 2005, p. 2 s.
n° 6, p. 19 ss n° 50 ss; Frank Vischer, Le contrat de travail in: Traité de
droit privé suisse 1982, vol. VII, tome I, 2, p. 130 ss). L'art. 331 CO
n'exigeait pas que les cotisations de l'employeur soient versées par
l'entreprise fondatrice elle-même (ATF 101 Ib 231). Elles pouvaient être
prélevées sur l'ensemble des biens de la fondation ou versées par une
fondation patronale alimentée par des versements des employeurs fixés selon
la marche des affaires (ATF 103 Ib 161). Conformément au caractère
facultatif de la prévoyance, le code des obligations ne fixait pas de limite
supérieure pour les cotisations (Jürg Brühwiler, op. cit., p. 122, n° 25).

Egalement introduite par la loi fédérale révisant les titres dixième et
dixièmebis du code des obligations (RO 1971, 1461, 1479 s.), l'indemnité à
raison de longs rapports de travail des art. 339b-d CO complétait la
réglementation de prévoyance en faveur du personnel. Elle avait pour but
d'inciter l'employeur à créer un système de prévoyance. Elle peut en effet
être remplacée par les versements d'une institution de prévoyance. Dans ce
cas, l'employeur est libéré de l'obligation de verser l'indemnité dans la
mesure où il s'engage à payer dans le futur les prestations de prévoyance au
travailleur ou les lui fait assurer par un tiers (art. 339d al. 3 CO). Dans
ce sens, cette indemnité a servi de transition jusqu'à ce que soit instituée
la prévoyance obligatoire dans les entreprises (Frank Vischer, op. cit., p.
137 et 140; Jürg Brühwiler, op. cit., p. 529 s., n° 103 ss).

3.2 Sous l'angle fiscal, l'art. 16 chiffre 4bis AIFD prévoyait l'exonération
des fondations constituées en la forme prévue aux articles 80 ss CC. Les art.
22 al. 1 lettre f et 49 al. 2 AIFD autorisaient la déduction des sommes
affectées à des buts de bienfaisance en faveur du personnel de l'entreprise,
en tant que l'affectation de ces sommes était assurée de telle sorte que tout
emploi contraire fût impossible. L'art. 22 al. 1 lettre f AIFD, dont la
teneur était identique à celle de l'art. 49 al. 2 AIFD, conférait aux
propriétaires et associés d'entreprises commerciales la faculté d'adapter au
résultat de chaque exercice annuel les contributions en faveur de la
prévoyance de leur personnel et d'influencer par là le revenu commercial
imposable (E. Känzig, Die eidgenössische Wehrsteuer (Direkte Bundessteuer),
vol. 4, 2ème éd., Bâle 1982, n° 182, p. 669; Message du Conseil fédéral du
1er mai 1984 concernant l'adaptation de l'impôt fédéral direct à la loi
fédérale sur la prévoyance professionnelle, FF 1984 II 749 p. 758). Sous cet
angle, il n'y avait en principe pas de limitations à la déduction des
montants irrévocablement affectés à des buts de prévoyance.

D'après une circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 11
avril 1958 (Archives 26, p. 435), les sommes versées à un fonds de prévoyance
en faveur du personnel constitué sous la forme d'une caisse d'assurance au
sens de l'art. 16 chiffre 4 AIFD peuvent être déduites, même lorsque les
prestations d'assurances prévues sont garanties ou versées à des personnes
qui détiennent une part importante du capital social (actionnaires
directeurs). De même, les salaires versés aux chefs de l'entreprise,
directeurs et fondés de pouvoirs, dans la mesure où ils restent dans des
limites normales, sont considérés comme des frais généraux. Toutefois les
prestations d'assurance qui sont garanties ou versées à ces personnes ne
doivent pas être plus élevées que les prestations accordées à d'autres
employés occupant dans l'entreprise la même situation ou une situation
semblable, mais ne participant pas ou ne participant pas dans une mesure
importante au capital social (cf. H. Masshardt/F. Gendre, Commentaire IDN,
Lausanne 1973, n° 26 ad art. 49 al. 2, p. 237 s.; E. Känzig, op.cit., n° 182
ad art. 22 al. 1 lettre f et n° 415 ad art. 49 al. 2).
Dans un arrêt du 10 avril 1987 concernant la période fiscale 1983/1984, le
Tribunal fédéral a rappelé qu'il se justifiait d'admettre que les versements
d'une entreprise en vue d'assurer des actionnaires travaillant pour la
société, ne pouvaient être considérés comme des frais justifiés par l'usage
commercial que s'ils étaient également consentis en faveur d'autres employés;
se référant à la circulaire de l'Administration fédérale des contributions du
30 avril 1958, il a considéré que les paiements directs de rentes par
l'entreprise à d'anciens actionnaires-directeurs ainsi qu'à leurs survivants
ne pouvaient être admis comme frais justifiés par l'usage commercial que si
les personnes dirigeantes ne pouvaient pas être incluses dans l'assurance
concernant les autres employés et qu'elles n'étaient pas traitées plus
favorablement qu'eux (ATF 113 Ib 13 consid. 4c p. 16 s. et les nombreuses
références de jurisprudence citées).

4.
Entrée en vigueur le 1er janvier 1985, sous réserve notamment des art. 81 al.
2, al. 3, 82 et 83, qui sont applicables depuis le 1er janvier 1987 (RO 1983
p. 827), la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle
vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40) règle la prévoyance
professionnelle (2ème pilier).

4.1 La loi sur la prévoyance professionnelle est une loi spéciale dont les
normes l'emportent sur les dispositions générales du code civil et du code
des obligations, qui continuent à s'appliquer aux rapports de droit que la
loi sur la prévoyance obligatoire ne concerne pas, en particulier la
prévoyance supplémentaire et aux rapports juridiques nés avant l'entrée en
vigueur de la loi (Message à l'appui de la LPP; FF 1976 I 117 ss, p. 129).
Selon les art. 111 et 113 Cst., qui reprennent l'art. 34quater aCst., la
prévoyance professionnelle doit permettre aux personnes âgées, aux survivants
et aux invalides de maintenir de façon appropriée leur niveau de vie
antérieur, compte tenu des prestations de l'assurance fédérale (cf. Message à
l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 117). Le maintien du niveau de vie
antérieur est garanti, à titre d'exigence minimale (art. 6 LPP), par une
rente globale (rente du premier et du deuxième pilier) de 60 pour cent du
dernier salaire brut d'une personne ayant eu une carrière professionnelle
normale (Message à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 125). Il est
toutefois loisible aux institutions de prévoyance reconnues de prévoir les
prestations supérieures qui leur conviennent (Message à l'appui de la LPP, FF
1976 I 117 ss, p. 127 s.; nommée prévoyance sur-obligatoire, 2ème pilier b).
La prévoyance professionnelle obligatoire et surobligatoire est financée en
principe par l'employeur et l'employé. Selon la loi, l'employeur finance en
principe une somme égale à celle financée par l'employé; il peut toutefois
verser un montant supérieur (art. 331 al. 3 CO, art. 66 LPP). Dans la mesure
où les statuts ou les règlements le prévoient expressément, l'employeur peut
également verser, en sus des contributions ordinaires au fonds de prévoyance,
des contributions extraordinaires uniques dans le but de racheter des années
de cotisation des employés ou dans le but d'alimenter un fonds de réserve ou
les moyens à libre disposition de la fondation de prévoyance (cf. à cet
égard, l'arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 4.1 et 4.2 et les
références de jurisprudence citées). Tant le financement que la mise en
oeuvre de la prévoyance obligatoire et surobligatoire doivent être fixés à
l'avance dans les statuts et les règlements selon des critères schématiques
et objectifs et respecter, en particulier, les principes d'adéquation, de
collectivité (solidarité), d'égalité de traitement,
de planification ainsi
que d'assurance (ATF 120 Ib 199 consid. 3d p. 204, pour une définition de ces
principes cf. arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 3 et la
confirmation que le principe d'assurance vaut pour les institutions de
prévoyance obligatoires et surobligatoires 2A.408/2002 du 13 février 2004,
consid. 2.4).

La 1ère révision de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle,
vieillesse, survivants et invalidité dans sa teneur du 3 octobre 2003 reprend
expressément les notions d'adéquation, de collectivité, d'égalité de
traitement, de planification et le principe d'assurance dont la définition
devra être précisée par le Conseil fédéral (art. 1 al. 3 qui entrera en
vigueur le 1er janvier 2006, RO 2004 1677, 1700). Cette intégration est le
fruit d'une évolution historique marquée par le glissement de la prévoyance
du domaine du droit privé vers celui du droit public des assurances sociales.
En effet, le domaine de la prévoyance surobligatoire reposait encore lors des
premières applications de la loi sur la prévoyance professionnelle avant tout
sur le contrat, en d'autres termes, sur le principe du droit privé autonome,
soit sur la liberté contractuelle, qui n'était pas remise en cause par les
dispositions légales (cf. art. 49 al. 2 LPP, art. 89bis CC et les art.
331-331c CO) applicables à la prévoyance surobligatoire (Jürg Brühwiler, op.
cit., p. 586 s., n° 39 et 40). Par conséquent, l'influence du droit privé
l'emportait encore largement à ce moment-là.

4.2 La prévoyance obligatoire instituée par le deuxième pilier faisant défaut
ou étant nettement insuffisante avant l'entrée en vigueur de la loi (Message
à l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 119 et 124 s.), la génération
d'entrée, composée des personnes, lors de l'entrée en vigueur de la loi, de
plus de 25 ans n'ayant pas encore l'âge ouvrant le droit à la rente,
n'atteignait pas la durée normale de cotisation (art. 31 LPP; Message à
l'appui de la LPP, FF 1976 I 117 ss, p. 143 s.). L'art. 11 Disp. trans. aCst.
a exigé par conséquent que la loi institue des dispositions spéciales afin
que les assurés appartenant à la génération d'entrée du régime de la
prévoyance professionnelle obligatoire puissent bénéficier d'une protection
minimale passé un certain délai variant entre dix et vingt ans en fonction du
revenu. Contre l'avis du Conseil national toutefois (BO CN 1977 II 1339 ss),
les art. 31 à 34 du projet du Conseil fédéral (Message à l'appui de la LPP,
FF 1976 I 117 ss, p. 209 ss), qui reprenaient assez fidèlement la teneur de
l'art. 11 al. 2 Disp. trans. aCst., ont été éliminés par le Conseil des Etats
au profit d'une "solution simplifiée" qui supprimait "des restrictions non
désirées dans l'autonomie des institutions de prévoyance" à cet égard (BO CE
1980 280 s., voir également BO CN 1981 II 1082 ss, BO CE 1982 11 ss). L'art.
32 al. 1 LPP relatif aux dispositions spéciales prévoit par conséquent que
chaque institution de prévoyance est tenue, dans les limites de ses
possibilités financières, d'établir des dispositions spéciales pour la
génération d'entrée en favorisant notamment les assurés d'un certain âge et
plus particulièrement ceux d'entre eux qui ne disposent que de revenus
modestes. A cet effet, elle pourra tenir compte des prestations auxquelles
des assurés ont droit en vertu des mesures de prévoyance prises
antérieurement à la présente loi (art. 32 al. 2 LPP). Les institutions de
prévoyance sont donc relativement libres dans le choix des mesures qu'elles
sont tenues de prendre et bénéficient d'une large marge d'appréciation (Jürg
Brühwiler, op. cit., p. 222, n° 23 et 24 et p. 237 ss n° 45 ss). Elles
peuvent puiser à cet effet dans leur fortune à libre disposition (Jürg
Brühwiler, op. cit., p. 224 s., n° 26).

Enfin, la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle a modifié la teneur
de l'art. 331 al. 3 in fine CO. Cette disposition exige nouvellement depuis
le 1er janvier 1985 (RO 1983 797) de l'employeur qu'il finance sa
contribution à la prévoyance de ses employés par ses moyens propres ou à
l'aide de réserves de cotisations dans l'institution de prévoyance et non
plus à l'aide de la fortune libre de l'institution lorsque ses statuts ne
l'excluaient pas; ces réserves doivent avoir été accumulées préalablement
dans ce but par l'employeur et être comptabilisées séparément.

4.3 Sur le plan fiscal, dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de
fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle,
les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public sont
exonérées des impôts directs de la Confédération des cantons et des communes
(art. 80 al. 2 LPP). Les contributions des employeurs ainsi que celles que
les salariés et les indépendants versent à des institutions de prévoyance
conformément à la loi ou aux dispositions réglementaires sont déductibles en
matière d'impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes
(art. 81 al. 1 et 2 LPP dans leur teneur jusqu'au 1er janvier 2005). Les art.
16 al. 4, 22 al. 1 lettre f et 49 al. 2 AIFD ont repris ces dispositions
(Message sur l'adaptation de l'IFD à la LPP, FF 1984 II 749, p. 756 s., 758
et 760). Le Tribunal fédéral a jugé qu'il n'y avait pas lieu de s'écarter de
la jurisprudence rendue en la matière avant l'entrée en vigueur de la loi sur
la prévoyance professionnelle, notamment s'agissant du respect des principes
qui régissent son financement et sa mise en oeuvre (ATF 120 Ib 199 consid. 3d
p. 204 s.). De même, à l'instar de ce qui prévalait avant l'entrée en vigueur
de la LPP, il n'est pas possible de fixer de limite précise et unique à la
constitution de réserves de cotisations patronales ou de réserves libres que
prétend faire un employeur (cf. consid. 2.1.2 ci-dessus; Conférence suisse
des impôts, Groupe de travail prévoyance, Prévoyance et impôts, cas
d'application, Muri/Berne 2002, cas n° A 3.5.1).

Dans un arrêt récent (arrêt 2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 4.3), le
Tribunal fédéral, confirmant une jurisprudence antérieure (arrêt 2P.107/1994
du 16 mai 1995, consid. 4b/bb, in: StE 1998 B 72.14.2 n° 21) a jugé que la
déduction fiscale des contributions volontaires au titre de frais justifiés
par l'usage commercial n'était possible que si l'institution de prévoyance
professionnelle utilisait ces contributions conformément à la loi sur la
prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité. Les
contributions volontaires entraient dans les réserves à libre disposition de
l'institution de prévoyance et devaient servir exclusivement à l'amélioration
générale de la prévoyance des assurés de l'institution ou à l'amélioration de
la couverture d'assurance en renforçant le capital de couverture. Le Tribunal
fédéral a précisé que, comme les cotisations ordinaires, les contributions
volontaires devaient respecter les principes de collectivité, de
planification, d'adéquation et d'égalité de traitement. Il était nécessaire
que les statuts et les règlements prévoient que les contributions
extraordinaires de l'employeur servent à l'amélioration en général de la
prévoyance des assurés membres de l'institution et qu'elles soient réparties
entre les preneurs d'assurance au moyen d'une clé prévue dans les statuts ou
les règlements. Par conséquent, les cotisations qui ne respectaient pas ces
principes et les contributions volontaires que l'employeur effectuait en
l'absence de fondements statutaires ou réglementaires ne pouvaient être
considérées comme des frais déductibles justifiés par l'usage commercial. Il
était donc inadmissible de verser dans l'institution de prévoyance de telles
contributions extraordinaires au seul gré de la volonté de l'employeur et de
les porter directement dans les comptes individuels de prévoyance qui y sont
ouverts. En cas de contributions extraordinaires, les principes d'adéquation
et d'égalité de traitement revêtaient un poids plus important, tandis que
celui de planification (d'un point de vue temporel) passait au second plan.
La planification exigeait dans un tel contexte que les contributions
extraordinaires soient prévues par les statuts ou les règlements et que leur
répartition entre les assurés ou leur compte de prévoyance ait lieu en
fonction de critères objectifs. Le principe d'adéquation était respecté si
l'institution de prévoyance n'était pas dotée de moyens excessifs dont elle
n'aurait vraisemblablement pas besoin dans un avenir proche pour remplir ses
obligations légales, statutaires ou réglementaires. Enfin, à l'inverse des
cotisations périodiques ordinaires, le principe de l'équivalence des mesures
de prévoyance devait être compris dans un sens relatif: les réserves à libre
disposition de l'institution de prévoyance devaient être proportionnellement
équivalentes dans la caisse des employés et la caisse des cadres (arrêt
2A.45/2003 du 29 juillet 2004, consid. 4.3 et 4.4 ainsi que les nombreuses
références de jurisprudence et de doctrine citées).

5.
5.1En vertu de l'art. 49 al. 1 lettre b AIFD, entrent en considération pour
le calcul du rendement imposable tous les prélèvements opérés avant le calcul
du solde du compte de profits et pertes qui ne servent pas à couvrir des
frais généraux autorisés par l'usage commercial en particulier les
libéralités en faveur de tiers. La notion de "libéralités en faveur de tiers"
comprend notamment les prestations appréciables en argent, également
qualifiées de distributions dissimulées de bénéfices, faites par la société,
(a) sans contre-prestation, (b) à ses actionnaires ou encore à toute personne
la ou les touchant de près et (c) qu'elle n'aurait pas faites aux mêmes
conditions, dans les mêmes circonstances, à des tiers non participants (ATF
119 Ib 116 consid. 2 p. 120; Archives 67 216 consid. 2; RDAF 1997 2 483
consid. 2).

5.2 En particulier, les rentes qu'une société verse à son ancien actionnaire
directeur après sa retraite ne peuvent pas être considérées comme des frais
autorisés par l'usage commercial, lorsque la société n'alloue pas aussi des
prestations correspondantes aux anciens employés ou qu'il n'existe pas de
circonstances extraordinaires pouvant justifier d'une autre manière que ces
prestations soient reconnues comme frais. Pour déterminer s'il existe des
circonstances particulières justifiant la déduction des rentes, il convient
de prendre en compte l'ensemble des circonstances qui ont entouré la
conclusion du contrat de rentes (ATF 95 I 174 consid. 2 et 3 p. 179 ss).

Dans des arrêts plus récents, le Tribunal fédéral a considéré comme
distribution dissimulée de bénéfice, le versement d'une prime unique par la
société favorisant son actionnaire-directeur par rapport aux autres
collaborateurs (cadres), parce que ce rachat ne répondait pas à un système
schématique valable pour l'ensemble des collaborateurs (arrêt 2A.45/2003 du
29 juillet 2004). Il a également considéré comme distribution dissimulée de
bénéfice le versement par la société de la totalité des contributions
alimentant le fonds de prévoyance de son actionnaire unique, dès lors qu'il
n'était pas établi que des contributions comparables avaient été versées au
profit d'autres employés de la recourante (arrêt 2A.368/1995 du 24 avril
1996; arrêt P1521/1983 du 30 mars 1984 in: Archives 55, p. 171 ss). De même,
la conclusion d'une assurance de rente viagère contre le paiement d'une prime
unique par la société en faveur de son actionnaire unique qui n'avait jamais
été ni n'était dans un rapport de travail avec celle-ci constitue, en
l'absence de toute contre-prestation, une distribution dissimulée de bénéfice
(Archives 64 p. 493 consid. 3). En revanche, il a refusé de considérer comme
distribution dissimulée de bénéfice les cotisations d'une société en faveur
de la prévoyance complémentaire dont bénéficiaient seuls ses deux
actionnaires employés à l'exclusion d'un troisième employé dont le salaire ne
dépassait la limite supérieure du salaire LPP, parce qu'elles correspondaient
aux dispositions du règlement applicable à tous ses employés. Les
actionnaires n'étaient pas favorisés par le taux de cotisation; le montant
des cotisations paritaires était adéquat; le salaire des actionnaires était
raisonnable et fixé en fonction de critères objectifs tandis que celui de
l'employé non actionnaire aurait été soumis au régime complémentaire s'il
n'avait pas travaillé à temps partiel (arrêt 2A.404/2001 du 20 mars 2002 in:
RF 57 2002 p. 488).

Selon le Groupe de travail prévoyance de la Conférence suisse des impôts, le
fait que les deux actionnaires d'une société reçoivent le 77,5% des
versements complémentaires bénévoles ne permet pas encore de conclure à une
distribution dissimulée de bénéfice, si la clé de répartition choisie a pour
effet de favoriser les employés fidèles et ceux qui ont de petits salaires,
que tous les salariés bénéficient des prestations patronales selon la clé de
répartition et que cette clé, à défaut d'être inscrite dans le règlement de
l'institution de prévoyance, reste inchangée pendant quelques années. Selon
ce Groupe de travail prévoyance, toutefois, une clé de répartition qui aurait
pour effet d'avantager ceux qui sont au service depuis de nombreuses années
avec des salaires élevés irait à l'encontre de l'art. 32 al. 1 LPP et
conduirait à une distribution dissimulée de bénéfice, notamment lorsque,
d'emblée, elle exclut de la répartition certains employés (Conférence suisse
des impôts, Groupe de travail prévoyance, Prévoyance et impôts, cas
d'application, Muri/Berne 2002, cas n° A 3.5.2).

Il convient d'examiner en premier lieu si les mesures de prévoyance de la
société intimée respectent les conditions de l'art. 49 al. 2 AIFD et ensuite
quand bien même elles les respecteraient si elles doivent être qualifiées de
distributions dissimulées de bénéfices.

6.
Rappelant en substance le contenu des exigences qui régissent la prévoyance
professionnelle, l'autorité intimée a constaté à bon droit qu'aucune des
mesures mises en place par la Fondation Y.________ dans le règlement de 1985
et les statuts de 1987 ne respectait le principe de collectivité car elles ne
s'appliquaient pas à l'ensemble du personnel; en outre les attributions
bénévoles ne respectaient pas le principe de planification.

6.1 Avec l'autorité intimée et la recourante, force est de constater que les
statuts et les contributions bénévoles de la société intimée ne respectent
pas
les principes développés par la jurisprudence jusqu'à aujourd'hui et
repris par la 1ère révision de la loi sur la prévoyance professionnelle (cf.
art. 1 al. 3 nouveau LPP, cf. ci-dessus consid. 4.1). Les statuts violent en
particulier le principe de collectivité en ne définissant pas de manière
objective le cercle des employés assurés. Les contributions bénévoles violent
aussi le principe d'assurance, dès lors qu'elles ont été versées sur de
simples "livrets d'épargne prévoyance" (pour la prévoyance vieillesse) qui
apparaissent ainsi comme une simple accumulation de fortune ne servant pas à
couvrir les cas d'invalidité. Ces défauts constatés, il n'est pas nécessaire
d'examiner d'autres violations dénoncées par la recourante dans le chef de la
fondation Y.________, dont les statuts, d'une manière générale selon elle, ne
respecteraient pas, ou mal, les principes de la prévoyance professionnelle.
Ces violations relèvent avant tout de la fondation - en particulier, elles
mettent en cause son exonération fiscale - dont le chapitre ne fait pas
l'objet de la présente procédure. Toutefois, la constatation que le système
des "livrets d'épargne prévoyance" gérés par la Fondation Y.________ semble
ne pas respecter tous les principes qui régissent la prévoyance
professionnelle ne conduit pas pour autant à l'admission du recours.

6.2 Dans son arrêt, l'autorité intimée a considéré que, malgré l'ignorance de
certains principes de la prévoyance, les contributions bénévoles versées sur
les "livrets d'épargne prévoyance" constituaient des mesures spéciales en
faveur de la génération d'entrée au sens de l'art. 32 LPP. Certes elles
entraînaient bien une inégalité de traitement entre B.________ et les autres
membres de la fondation, mais pas au point qu'elles doivent, pour moitié,
être reprises dans le bénéfice imposable de la société intimée.

L'art. 32 LPP imposait à la société intimée d'établir des dispositions
spéciales en faveur de la génération d'entrée qu'elle assurait. A cet égard,
elle disposait d'une grande marge de manoeuvre (cf. ci-dessus consid. 4.2).
En l'espèce le Tribunal administratif a demandé une expertise des mesures de
prévoyance litigieuses. Cette expertise a certes constaté que la clé de
répartition avantageait les employés avec le plus grand nombre d'années de
service et qui avaient le plus cotisé sur un salaire élevé en retenant
l'importance des comptes individuels de cotisations personnelles. Mais elle a
également observé qu'il s'agissait d'une clé utilisée "assez souvent dans les
fondations de prévoyance" et "dans la pratique". Cette clé n'a pas fait
l'objet de dispositions réglementaires de la fondation. Elle a néanmoins fait
l'objet de décisions d'application réitérées année après année du conseil de
fondation sans voir sa teneur modifiée. Selon le Groupe de travail prévoyance
de la Conférence suisse des impôts qui a examiné une clé identique sous cet
angle, cela suffit pour considérer qu'elle respecte le principe de
planification (cf. Conférence suisse des impôts, Groupe de travail
prévoyance, Prévoyance et impôts, cas d'application, Muri/Berne 2002, cas n°
A 3.5.2). Dans ces conditions, c'est à bon droit que le Tribunal
administratif a considéré les mesures litigieuses comme compatibles avec
l'art. 32 LPP.

C'est en vain que la recourante, qui s'appuie sur la doctrine (cf. Conférence
suisse des impôts, Prévoyance et impôts, op. cit., cas n° A 3.5.2, remarque),
fait valoir que la clé de répartition litigieuse, viole les dispositions de
l'art. 32 LPP parce qu'elle ne privilégie pas les bas revenus. Ni la lettre
ni l'historique de cet article n'exigent que dans tous les cas la clé de
répartition privilégie les bas revenus, sans égard à l'âge des assurés et à
leur situation concrète. S'agissant de mesures spéciales adoptées en
application de l'art. 32 LPP, il convient bien plutôt de procéder à l'examen
complet de la situation concrète des assurés affiliés qui font partie de la
génération d'entrée, sans perdre de vue le but ultime de la prévoyance
professionnelle d'assurer à l'âge de la retraite une rente, ajoutée à celle
de l'AVS, de 60 pour cent du dernier revenu. En l'espèce, en outre il y a
lieu de prendre en considération le fait que les mesures dont ont bénéficié
B.________ et, pour partie également, A.________ ont été prises et appliquées
au moment où était adoptée la loi sur la prévoyance professionnelle,
vieillesse, survivants et invalidité.

7.
A.________ a pris sa retraite en 1982, soit avant l'entrée en vigueur de la
loi sur la prévoyance professionnelle. Depuis cette date et également durant
les années 1989 à 1992, les Fondations Y.________ et Z.________ lui ont versé
des rentes mensuelles (ci-après: les rentes mensuelles; consid. 7.1
ci-dessous). En outre, dès le 1er janvier 1987 et durant les années 1989 à
1992 en cause en l'espèce, la Fondation Y.________ a versé à A.________ un
supplément de rente, sous forme d'une treizième rente (ci-après: la treizième
rente; consid. 7.2).
7.1 Les rentes mensuelles payées à A.________ l'ont été en exécution des
contrats des 4 et 7 février 1977 passés par A.________ avec les sociétés
Y.________ SA et Z.________ SA qui n'ont pas été modifiés au moment de la
reprise des actifs et passifs de Z.________ SA par Y.________ SA en 1986.
Elles reposaient uniquement et directement sur le contrat de travail passé
entre l'ancien directeur et la société intimée. Revêtant l'une des formes
classiques de la prévoyance qui prévalait avant l'entrée en vigueur de la
législation sur la prévoyance obligatoire (cf. consid. 3.1 ci-dessus), elles
ne sauraient être qualifiées de contraires aux dispositions de la LPP,
auxquelles elles ne sont pas soumises. Au contraire, dès lors qu'il n'est pas
contesté qu'elles respectent les conditions minimales imposées par les art.
331 ss CO, qui ne fixent notamment pas de montant maximal pour les
contributions de prévoyance, elles doivent être considérées dans le chapitre
fiscal de la société intimée comme des contributions affectées à un but de
prévoyance au sens de l'art. 49 al. 2 AIFD.

Dans ces conditions, il importe peu de savoir si A.________ aurait pu ou dû
s'affilier aux fondations nouvellement créées par ses employeurs ou si les
rentes mensuelles pouvaient être qualifiées d'indemnité pour longs rapports
de travail. Il n'importe pas non plus d'examiner si elles respectaient le
mode de calcul qu'imposeraient, selon la recourante, les art. 339d ss CO.
Enfin, le versement des rentes mensuelles par les fondations ne constitue
qu'une modalité de paiement qui cantonne les fondations érigées par la
société intimée dans un rôle d'intermédiaire "payeur", leur statut
d'institution de prévoyance professionnelle n'étant pas en cause ici.

7.2 La treizième rente attribuée à A.________ l'a été sur décision du conseil
de la fondation Y.________. Cette décision s'est inscrite dans le
prolongement des rentes mensuelles qui constituaient la prévoyance de ce
dernier et qui continuaient d'être payées à ce titre après le 1er janvier
1985. Les premières répartitions décidées dès 1986 par le conseil de la
Fondation Y.________ au profit de tous les assurés affiliés à la fondation
ont été prélevées sur des fonds à sa libre disposition qui avaient été
constitués durant les années antérieures à 1985. L'art. 32 LPP contraignant
nouvellement la Fondation Y.________ à prendre des mesures spéciales qu'elle
devait financer notamment au moyen des dits fonds, on ne saurait reprocher à
son conseil d'avoir considéré qu'il devait sauvegarder une certaine égalité
de traitement entre les membres de la génération d'entrée affiliés à la
fondation et l'ancien directeur, en le faisant bénéficier des fonds qui
avaient été accumulés, au moins en partie, durant les années où il était
encore employé de la société intimée au même titre que ceux pour lesquels les
"livrets d'épargne prévoyance" venaient d'être ouverts. Dans la mesure en
outre où elle provient de fonds affectés à la prévoyance professionnelle et
qu'elle a pour but de renforcer et d'améliorer la prévoyance professionnelle
de A.________, en application au moins indirecte de l'art. 32 LPP, cette
treizième rente est conforme au prescrit de l'art. 49 al. 2 AIFD.

8.
Au moment de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur la prévoyance
professionnelle, B.________, qui était né en 1928, avait 57 ans. Il
appartenait à la génération d'entrée. Par conséquent, les attributions
effectuées sur le "livret d'épargne prévoyance" de B.________ durant les
années en cause en l'espèce doivent être examinées à la lumière des
dispositions qui régissent la prévoyance professionnelle surobligatoire et
les dispositions spéciales édictées en faveur de la génération d'entrée selon
l'art. 32 LPP.

En choisissant une clé de répartition des attributions extraordinaires de la
société intimée fondée sur un coefficient résultant de la multiplication des
années de service et des valeurs mathématiques, le conseil de fondation a
favorisé doublement les personnes affiliées à la fondation, comme B.________,
qui avaient beaucoup cotisé et étaient en service depuis longtemps. Ce
faisant il a tenu compte de la situation personnelle de B.________ qui ne
disposait plus que de huit ans pour constituer un capital de prévoyance. Sous
cet angle, se fondant sur l'expertise judiciaire qu'elle avait ordonnée,
l'autorité intimée a constaté qu'en faisant usage par hypothèse du capital
retraite total que les mesures spéciales lui ont permis d'accumuler,
B.________ aurait obtenu une rente globale (y compris la rente AVS)
correspondant à "46,2 pour cent du dernier salaire AVS [de l'intéressé]", de
sorte qu'on ne saurait parler, selon l'expert, d'un dépassement objectif de
la prévoyance. Il est en effet admis que la prestation finale à atteindre
devrait s'élever à environ 60-70 pour cent du dernier salaire net (Martin
Steiner, Beletage-Versicherung, Möglichkeiten und Grenzen aus steuerlicher
Sicht, Archives 58, 625 p. 632). Dans ces conditions, les attributions
extraordinaires effectuées sur le "livret d'épargne prévoyance" de B.________
remplissaient les conditions prévues par l'art. 49 al. 2 AIFD, même si
certains principes généraux de la prévoyance n'avaient pas été respectés dans
le cadre des mesures en faveur de la génération d'entrée.

Au demeurant, il convient de souligner que les contributions bénévoles de la
société intimée ont été définitivement abandonnées dès l'exercice commercial
1994 avec le départ à la retraite de B.________, leur but temporaire ayant
été atteint.

9.
Même si, dans le contexte qui prévaut au moment de leur mise en oeuvre, les
mesures de prévoyance litigieuses respectent les exigences de l'art. 49 al. 2
AIFD, elles doivent néanmoins entrer en considération pour le calcul du
rendement net imposable, dans la mesure où elles doivent être qualifiées de
distributions dissimulées de bénéfices (art. 49 al. 1 lettre b AIFD). Il
convient donc d'examiner les reprises litigieuses à la lumière des principes
développés par la jurisprudence en la matière (cf. consid. 5 ci-dessus).

9.1 Avec le Tribunal administratif et la recourante, force est d'admettre que
la société intimée n'a versé à aucun autre de ses employés des rentes
comparables à celles allouées à A.________. S'agissant des rentes mensuelles,
le Tribunal administratif a toutefois constaté que ce dernier avait été à
l'origine de la création des sociétés Y.________ SA et Z.________ SA et de
l'important développement dont elles avaient bénéficié, qu'il avait également
exercé la fonction de directeur général de Z.________ SA de 1975 à 1977 sans
rémunération et enfin, qu'il était le seul collaborateur qui avait travaillé
à plein temps aussi longtemps dans l'entreprise et qui avait atteint l'âge de
60 ans au moment de la constitution du premier fonds de prévoyance en faveur
des employés de Y.________ SA. Ces circonstances de fait, au demeurant
suffisamment établies par la production des contrats des 4 et 7 février 1977,
démontrent que les rentes reposaient sur des clauses contractuelles qui
faisaient partie intégrante d'un contrat de travail et s'inscrivaient ainsi
dans un rapport de prestations et contre-prestations dont personne n'a
considéré qu'elles pouvaient être déséquilibrées (cf. sur ce point Jürg
Brühwiler, op. cit., p. 566 s., n° 32). L'existence d'une contre-prestation
conduisant à exclure toute distribution dissimulée de bénéfice, l'autorité
intimée pouvait à bon droit considérer ces rentes mensuelles comme des
charges justifiées par l'usage commercial. Au demeurant, à l'instar de
l'opinion exprimée par la société intimée dans ses observations sur recours,
il est douteux que A.________, qui ne détenait que deux actions du capital
social de celle-ci, ait pu exercer une quelconque influence sur le versement
des rentes. C'est un motif supplémentaire pour écarter l'existence d'une
distribution dissimulée de bénéfice à son endroit. Il en va de même de la
treizième rente, dont il a déjà exposé ci-dessus qu'elle avait été attribuée
par le conseil de la Fondation Y.________ par soucis d'égalité de traitement.
Le recours sur ce point est par conséquent mal fondé.

9.2 S'appuyant sur la comparaison des montants attribués aux employés assurés
par la Fondation Y.________, la recourante considère que la clé de
répartition bien qu'objective in abstracto conduisait à ne favoriser que les
directeurs actionnaires de la société intimée, ce qui constituerait une
distribution dissimulée de bénéfice.

L'opinion de la recourante ne saurait être suivie. En 1989, la Fondation
Y.________ assurait cinq employés de la société intimée dont deux seulement
étaient actionnaires. En 1990, 1991 et 1992, sur les sept employés assurés
quatre d'entre eux n'étaient pas actionnaires. Les attributions versées sur
les "livrets d'épargne prévoyance" ne permettent pas d'établir de corrélation
entre la qualité d'actionnaire et le montant de ces attributions, d'autant
moins que des employés qui ne participent pas au capital de la société
intimée ont bénéficié de montants plus élevés que certains actionnaires et
que, parmi les actionnaires, il n'y a pas de corrélation entre le nombre
d'actions détenues et les montants versés. Par conséquent, les attributions
litigieuses n'ont pas seulement profité à des actionnaires mais également à
des employés de la société intimée qui ne participaient pas à
son
capital-actions. Ils en ont profité certes de manière différente mais
conforme à la clé de répartition choisie. Il s'ensuit que le motif à
l'origine des attributions litigieuses ne réside pas dans la qualité
d'actionnaire de la société intimée mais dans l'obligation légale de la
Fondation Y.________ de prendre des mesures spéciales pour la génération
d'entrée. Au surplus, il est douteux que B.________, qui détenait 368 actions
du capital social de la société intimée sur 1600 actions au total, ait
disposé par ce biais d'un pouvoir déterminant au sein de la société intimée.
Par conséquent, en considérant les attributions litigieuses comme conformes à
l'usage commercial et déductibles du bénéfice imposable de la société
intimée, le Tribunal administratif n'a pas violé l'art. 49 al.1 lettre b
AIFD.

9.3 Dans ces conditions, c'est à bon droit que l'autorité intimée a annulé
les reprises effectuées par l'autorité fiscale cantonale. Il n'est donc plus
nécessaire d'examiner les motifs qui, selon la recourante, exigent une
aggravation de l'imposition de la société intimée. Le recours est également
mal fondé à cet égard.

10.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.

Vu l'issue du recours, les frais judiciaires doivent être mis à la charge de
l'Administration fédérale des contributions qui succombe et qui défend un
intérêt pécuniaire (art. 156 al. 1 et 156 al. 2 a contrario en relation avec
les art. 153 et 153a OJ). Cette dernière versera en outre une indemnité de
dépens à X.________ SA qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un
avocat (art. 159 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté.

2.
Un émolument judiciaire de 3'000 fr. est mis à la charge de l'Administration
fédérale des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt
anticipé, des droits de timbre.

3.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. à charge de l'Administration fédérale
des contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé,
des droits de timbre est allouée à la société X.________ SA.

4.
Le présent arrêt est communiqué en copie à l'Administration fédérale des
contributions, Division principale de l'impôt direct, l'impôt anticipé, des
droits de timbre, à la société X.________ SA, à l'Administration cantonale
des impôts du canton de Vaud et au Tribunal administratif du canton de Vaud.

Lausanne, le 10 août 2005

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le président: Le greffier: